辣椒春连秋栽培时，因田间栽培时间长，导致辣椒结果的中后期，枝叶纵横，田间郁蔽，通风透光不良，极易引起灰霉病、炭疽病、软腐病、疫病等病害，造成大幅度减产减收，而且商品率不高，浪费营养。
因此，菜农应引起高度重视，辣椒种植必须整枝。适合辣椒的整枝方法较少，常见的主要有三干整枝、四干整枝、多干整枝和不规则整枝。
整枝时将门椒下部的侧枝全部抹掉，有利于营养集中供应，提高养分利用率，促进果实发育；植株根系发达，生长期长，有利于高产，提高商品果率。
保持植株下部良好的光照环境，提高果实的颜色质量。改善栽培环境，有助于防病。
一、三干整枝法
按留强去弱原则，保留强的3条结果枝干。株型小、密植、有利于早期产量，适于较大果型品种的高产优质栽培。
二、四干整枝法
也叫双杈整枝法。保留四门斗椒上的4对分枝中的一条粗壮侧枝作为结果枝。
株型大小适中，兼顾了早期产量和总产量。适于大多数甜椒类和牛角椒类品种高产优质栽培。
三、多干整枝法
四门斗椒上长出的8条分枝中保留5-6条健壮的三级侧枝作为结果枝。
植株保留茎叶较多，适于多数羊角椒类和牛角椒类品种。
四、不规则整枝法
侧枝长到15cm左右后，将门椒下的侧枝打掉。
结果中后期，根据田间的封垄及植株的结果情况对过于密集处的侧枝进行适当疏枝。
管理较省事，种植密度小，用苗少，省种。适于羊角椒类品种，其他类型品种的早熟栽培以及露地粗放栽培。
辣椒整枝时，门椒下的侧枝应及早全部抹掉；时间要适宜，选择晴暖天上午整枝，以减少发病；
时机要适宜，抹杈不要太早，待侧枝涨到10-15cm长时开始抹杈；位置要适宜，要从侧枝基部1cm左右将侧枝剪掉，避免伤口感染；
用具要适宜，要用剪刀或快刀将侧枝从枝干上剪掉或割掉；不要伤害茎叶，抹杈时动作要轻，避免拉断、碰断枝条或损伤叶片；
要及时抹杈，不要漏抹，辣椒的侧枝生长较快，要勤抹杈，一般3d左右抹杈1次；要与防病结合进行，以免受病菌侵染。
1、去内不去外
重点去除内膛枝，保留植株外侧强枝。去除内膛枝，目的是避免植株间郁闭，使田间通风透光良好。
植株外侧枝所处空间大，采光好，长势强，可作为结果枝培养，以提高总体产量。
2、去老不去新
把植株下部老叶、病叶、黄叶和残叶摘除，保留植株中上部有效叶，一方面可减少植株营养消耗，另一方面可防止病害发生。
3、去弱不去强
即把细弱的主枝去除，保留壮旺的主枝。
一大茬辣椒中后期，植株比较高大，枝叶相互遮挡，需按照上述整枝打杈原则，变四主枝为三主枝，从而减少养分消耗，保证植株正常生长。
另外，还需特别注意两点：
一、是由于病毒病可通过人为整枝打杈接触传播，故需单独“对待”病毒病植株。
二、是在整枝打杈过程中，发现病果、病叶或病秆时，要及时处理。
尤其是由灰霉病等引起的烂果、烂叶及烂秆，更要谨慎对待。
因灰霉病病原孢子量多，轻微一动，便会四处传播，建议用塑料袋将病株装好，带到棚外集中掩埋。
